022 - 2.01 Vortex (Redemoinho) Clark salva Lana do tornado, que fica agradecida mas sem entender os que meios ele usou para isso. Depois disso, ele descobre que a nave e seu pai desapareceram e parte em busca deles. Soterrado junto com Jonathan, o abominável jornalista ainda luta por contar o segredo de Clark. Sentido-se culpado por ter contratado o jornalista, Lex ajuda Clark na busca. Após a cirurgia, Lionel Luthor descobre que ficou cego.
023 - 2.02 Heat (Calor)Smallville HighScool ganha uma nova professora, Desiree Atkins, que tem o poder de persuadir todos os homens da cidade, exceto Clark. Ela convence Lex a se casar com ela e depois disso tenta fazer Jonathan matar Lex. Clark terá de aprender a lidar com seu novo poder (o raio de calor que sai de seus olhos) e impedir Desiree de dominar a cidade.
024 - 2.03 Duplicity (Duplicidade)Ao socorrer um homem que sofreu um acidente, Pete descobre a nave de Clark perdida na tempestade. Pete começa a desconfiar das atitudes de Clark deixando-o sem alternativa a não ser contar toda a verdade. Ao saber de tudo, Pete fica enfurecido e assustado.
025 - 2.04 Red (Vermelho)Clark vira o vilão da história quando se depara com a Kryptonita vermelha que afeta diretamente seu lado psicológico e acaba deixando-o totalmente fora de controle. Ele bate em seu pai, rejeita os amigos, rouba o cartão de crédito de seus pais, e até beija Lana e convida-a para um encontro. Mas no encontro ele arruma confusão, bate em vários homens no bar e acaba dando em cima de Jessy, uma garota nova na cidade que guarda um segredo. Agora os pais de Clark e Pete tem que impedí-lo antes que machuque mais alguém ou conte acabe revelando seu segredo.
026 - 2.05 Nocturne (Noturno)Lana ganha um admirador secreto que deixa bilhetes românticos no túmulo dos pais dela. Clark fica preocupado e adverte que tome cuidado. Lana por sua vez não dá ouvidos achando que ele está com ciúmes e acaba seguindo o rapaz. Ela descobre que o tal admirador, Biron, vive trancado no porão de sua casa. Sem saber que ele é perigoso se em contato com a luz do dia, acabam libertando-o e deixando todos em perigo. Enquanto isso, Martha Kent aceita a proposta de Lionel Luthor e vira sua funcionária.
027 - 2.06 Redux (Redução)Clark, Pete e Lana fazem trabalho voluntário num asilo de Smallville. Clark conhecem Cassandra Carver, uma senhora que ficou cega por causa da chuva de meteoros, desenvolvendo assim um dom da premonição. Ela assusta Clark avisando que uma pessoa muito próxima a ele morrerá em breve. Enquanto isso, Harry, um idoso que é um ex-presidiário, descobre a fonte da juventude num lago do mesmo asilo. Agora jovem, ele quer se vingar de quem ajudou a colocá-lo na cadeia
028 - 2.07 Lineage (Linhagem)Rachael Dunleavy chega à Smallville afirmando com convicção ser mãe biológica de Clark, dizendo que seu nome é Lucas e que ele seria filho de Lionel Luthor e sendo assim irmão de Lex. Ao receber o aviso dos Kent para ficar longe de Clark, ela sequestra Lex e chantageia Lionel a contar toda verdade. Enquanto isso, Lana também procura seu pai biológico, mas o primeiro encontro deles é um tanto desastroso.
029 - 2.08 Ryan (Ryan)Ryan James, o garotinho perdido que podia ler mentes do episódio "Stray", liga para Clark pedindo ajuda afirmando estar sendo mantido no Summerholt Research Facility em Metrópolis para pesquisas. Clark tem que encontrá-lo e ajudá-lo a curar as terríveis dores de cabeça que ele vem sofrendo. Em contra ponto, Lana decide morar com Chloe quando sua tia decide se casar e ir morar em metrópolis.
030 - 2.09 Dichotic (Dicotômico - dividido em dois)Ian Randall tem um lado estranho e aparentemente um dom interesante: consegue se dividir em dois. E o pior de tudo é que ele está saindo com Lana e Chloe ao mesmo tempo. Clark tenta alertá-las mas como sempre é mal compreendido.
031 - 2.10 Skinwalker (Viajantes com pele)Clark descobre por acidente escritas numa caverna indígena que parece ter algo a ver com seu destino. De brinde ele encontra Kyla, uma garota misteriosa que procura desvendar as escritas da caverna. Ela acredita que, segundo a mensagens da caverna surgirá do céu um homem que terá vários poderes (que Clark tem) e será predestinado a ficar com a Princesa do povo dela (a própria Kyla). Imediatamente Clark se une a Kyla em se tratando de proteger a caverna, e inicia uma espécie de namoro com ela. Mas esse romance é ameaçado, pois ao que parece Clark não é o único a ter um "segredo obscuro".
032 - 2.11 Visage (Aparência)Tina Greer reaparece (a garota que pode ter a aparência que quiser, do episódio "X-Ray"). Ela continua com sua obcessão por Lana, mas dessa vez ela não quer matá-la e tomar seu lugar. Ela vai tentar se passar por Whitney para poder ficar com ela. Ao descobrir que Lana não mais gosta de Withney e agora seu interesse é em Clark, ela tenta matar Clark colocando o colar de kryptonita de Lana em seu pescoço e vai ao encontro de Lana. No fim do episódio, há uma cena linda em que Clark está sozinho na caverna de Kyla e Lana chega para falar com ele. Ela chora ao dizer que acaba perdendo à todos que ela ama e confessa que não quer peder Clark. Eles se abraçam e ele a consola dizendo que nunca vai deixá-la.
033 - 2.12 Insurgence (Insurreição, Revolta)É aniversário de Martha e Jonathan quer lhe fazer uma surpresa, mas esta vai por água abaixo quando seu chefe, Lionel Luthor, resolve não dar o dia de folga, chamando-a para trabalhar em Metrópolis. Mas Lex descobre câmera em casa e manda investigar seu pai em Metrópolis. A situação ficará muito grave quando os supostos detetives enviados por Lex, resolvem se revelar ladrões e acabam mantendo Lionel e Martha como reféns.
034 - 2.13 Suspect (Suspeito)Lionel Luthor é baleado em sua mansão. Todas as provas apontam para Jonathan, que acaba sendo preso e Clark não sabe como provar sua inocência.
035 - 2.14 Rush (Revolta)Chloe e Pete vão à uma festa Have nas cavernas de Kyla (de SkinWalker), que Clark tanto preza e acabam se deparando com um parasita que quando no corpo da vítima causam o mesmo efeito de desinibição e revolta que Nicodemus. Lex manda um especialista em hieroglifos examinar a caverna a fim de descobrir o significado das escrituras na caverna, deixando Clark um tanto preocupado. Clark finalmente convida Lana para um encontro, que aceita sem hesitar. Mas o encontro é estragado quando os dois contaminados pelo parasita, Pete e Chloe, dão á Clark uma pedra de Kryptonita vermelha. Os três saem a fazer loucuras e acabam magoando Lana.
036 - 2.15 - Prodigal (Pródigo)Lex finalmente encontra Lucas Luthor, seu irmão perdido (sitado no episódio "Lineage"). Ele não nega ser um Luthor, demonstrando que tem a maldade no sangue. Descobre que Lionel não está fingindo ser cego hà algum tempo e tenta tomar conta dos negócios da família, fazendo Lionel expulsar Lex da mansão o que faz com que ele se obrigue a pedir asilo aos Kent.
037 - 2.16 - Fever (Febre)Martha e Clark ficam são diagnosticados com uma doença desconhecida. O segredo de Clark corre perigo quando os médicos vêem seu sangue no hospital.
038 - 2.17 - Rosetta (Roseta)Clark começa a ter sonhos estranhos com a caverna e acorda em lugares estanhos e até mesmo dentro da própria caverna. Numa das vezes ele coloca o disco octagonal num lugar da caverna e tem uma grande descarga de informações. Lex contrata Dr. Frederick um especialista em hieroglifos paradesifrar o que há na caverna, o que deixa Clark alarmado. Clark descobre um pesquisador Dr. Virgil Swann, que parece saber sobre sua origem. Clark decide ir atrás dele e descobre muitas coisas sobre ele mesmo. Inclusive o nome de seu planeta natal: Krypton.
039 - 2.18 - Visitor (Visitante)Um novo aluno na escola parece ter o dom da cura. Ele acredita ser um alienígena e que precisa enviar um sinal ao seu planeta natal para que eles o levem para casa. Clark será o único que tentará ajudá-lo enquanto uma turma de rapazes da escola o importunará.
040 - 2.19 - Precipice (Precipício)Clark perde a razão quando um garoto tenta machucar Lana e acaba insultando-o. Por conta disso, Clark enfrenta uma ação judicial. Enquanto ele questiona seus poderes, Lana questiona sua fragilidade e resolve tomar aulas de autodefesa. O ex-namorado de Helen (atual namorada de Lex) aparece trazendo problemas à doutora que acaba esfaqueada.
041 - 2.20 - Witness (Testemunha)Um garoto, que costumava não jogar bem, de repente começa a se destacar no time de basebol do Smallville HighScool, o que leva Clark à suspeitar de algo estranho. Ele acaba descobrindo que alguns rapazes da escola estão fazendo uso da kryptonita para aumentar a própria força. Clark terá de pará-los mas não será tão fácil quando a força dos rapazes é igual à sua. Na confusão, a sala do Torch é demolida e Lionel se oferece para reconstruí-la, devido à competência de Chloe e também acreditando que ela pode ajudá-lo a desvendar os segredos de Clark.
042 - 2.21 - Accelerate (Acelerado)Lana é assombrada pela aparição de Emily, sua melhor amiga na infância, que morreu afogada há mais de 6 anos. Ao contar para Clark, ele tenta ajudá-la a encontrar uma explicação mais lógica e ambos acabam descobrindo que a menina é na verdade o resultado de uma pesquisa genética com kryptonita que acelera o crescimento. No fim do episódio Lana e Clark finalmente se declaram um ao outro.
043 - 2.22 - Calling (Chamado)Clark e Lana finalmente ficam juntos, mas Lana tenta se afastar dele para não magoar Chloe e também por que tem dúvidas quanto a conseguir entender que ele tem segredos que não vai dividir com ela. Enquanto isso, O Dr. Walden, que havia entrado em coma ao pesquisar sobre a caverna de Kyla, acorda. De maneira alucinada repete que "o dia está chegando". Ele afirma também que Clark é um alienígena e defende seu exterminio. No final do episódio Chloe vê Lana e Clark juntos no celeiro e sai chorando sem que eles vejam.
044 - 2.23 - Exodus (Êxodo, emigração)Clark começa a ouvir a voz de seu pai biológico através da nave. Ele diz que se Clark não partir, todos os que ele ama irão se machucar. Desesperado, enquanto todos estão no casamento de Lex e Helen, Clark tenta destruir a nave. Mas seus planos saem errados e ele acaba provocando um acidente envolvendo seus pais que voltavam para casa a sua procura. Após descobrir que sua mãe perdera o bebê e ouvir palavras severas de Jonathan, ele põe seu anel de kryptonita vermelha e parte para metrópolis, deixando pra trás Lana aos prantos.
